Noen dager etter utnevnelsen innkalte han til en konferanse i Praha, hvor han kunngjorde at han innen to måneder hadde til hensikt å «rense» hele området under hans jurisdiksjon for jøder. En av de første beslutningene han tok, gjaldt opprettelsen av et såkalt «transittghetto for jødene», hvorfra de gradvis skulle evakueres østover. Byen Theresienstadt (tysk: Theresienstadt), som ligger ca. 60 kilometer nordvest for Praha, ble valgt. Der lå et relativt stort antall store østerrikske militærkaserner fra 1700-tallet, sammen med en nærliggende jernbanelinje som kunne brukes til å håndtere transportene av jøder til og fra ghettoen.
Under Wannsee-konferansen, som ble holdt 20. januar 1942, ble de «tekniske» aspektene ved gjennomføringen av programmet for den «endelige løsningen på jødespørsmålet» diskutert, og det ble beordret at Europa skulle «gjennomsøkes fra vest til øst» for å fange alle jødene, særlig på Rikets territorium, inkludert protektoratet Böhmen og Mähren. På den tiden ble Theresienstadt kalt Altersghetto (ghetto for de gamle). Byen var ment for det angivelig «privilegerte» oppholdet til jøder fra Tyskland og Østerrike – de eldre, særlig veteraner fra første verdenskrig og personer som var allment kjent takket være sin sosiale og kulturelle aktivitet. Tyske nazister trodde at de på denne måten ville berolige den internasjonale opinionen som var bekymret for programmet for evakuering av jøder «mot øst».
I juni 1942 fullførte tyskerne utvisningen av innbyggerne i Theresienstadt og fra det øyeblikket ble byen et enormt leir-ghetto. Gjennom hele sin eksistens hadde ghettoen i Theresienstadt tre grunnleggende funksjoner som var komplementære og sammenvevd: et samlingsleir for jøder deportert «mot øst», et sted for utryddelse gjennom sult og harde levekår, men den ble også brukt til propagandamessige formål.
I begynnelsen ble jøder fra Böhmen og Mähren samt Tyskland og Østerrike sendt til Theresienstadt – det var særlig fremtredende og kjente personer. Men allerede fra april 1943 ble jøder fra Nederland deportert hit, fra oktober fra Danmark, i slutten av 1944 fra Slovakia, og fra begynnelsen av 1945 fra Ungarn. Totalt ble ca. 140 000 mennesker ført til ghettoen.
Det er verdt å nevne at under «evakuerings»-aksjonene til Theresienstadt som ble gjennomført av Det tredje riket, ble et svært kynisk triks brukt. Før deportasjonen ble jødene pålagt å signere skjemaer der de måtte erklære at de «endret» bosted. De ble forsikret om at de som kompensasjon for den forlatte eiendommen ville få passende innkvartering i «ghettoen for de gamle». Gjennom en slik handling klarte tyskerne å gjennomføre en «lovlig» eiendomsbytte. Ved ankomsten viste imidlertid innkvarteringen seg å være en køyeseng og to kvadratmeter brakkeareal der østerrikske soldater hadde bodd for mange år siden.
Antallet personer som var internert i Theresienstadt -ghettoen økte stadig. I september 1942 nådde det over 53 000. Forholdene de skulle leve under var tragiske. Som følge av den enorme overbefolkningen viste det seg raskt at strøm- og vannforsyningen var utilstrekkelig, det oppstod utbrudd av ulike sykdommer, og sult sammen med mangelen på ordentlig helsehjelp førte til høy dødelighet. Totalt omkom over 33 000 mennesker i ghettoen, noe som betyr at nesten én av fire fanger døde. Det som er særlig hjerteskjærende, er det faktum at ca. 15 000 barn også var fengslet i ghettoen. Fangene forsøkte å skape litt bedre levekår for dem. Barnehager ble hastig opprettet, men dette reddet dem ikke fra døden.
Av de ca. 140 000 fangene som var fengslet i Theresienstadt, ble nesten 87 000 deportert østover. Selv om hele sannheten om de deportertes skjebne ikke var kjent i Terezín, ble begrepet «transport» et synonym for gru, lidelse og død.
Deporteringsmaskineriet ble satt i gang i januar 1942. Ved midten av oktober var over 42 000 jøder fra Theresienstadt deportert til de okkuperte områdene i Polen og det tidligere Sovjetunionen. Transportene gikk blant annet til Riga, Izbica, Lublin, Bełżec, Sobibór, Treblinka, Maly Trostenets og Baranovichi nær Minsk, samt andre steder. I de påfølgende månedene ble transportene sendt til Auschwitz. Fra februar 1943 ble deportasjonene uventet innstilt i syv måneder. Denne beslutningen kan ha hatt sammenheng med situasjonen i Tyskland på den tiden, som etter nederlaget ved Stalingrad ble oppfattet som stadig mer usikker.
Da Den internasjonale Røde Kors-komiteen i begynnelsen av 1943 søkte om å sende en delegasjon fra Berlin for å gjennomføre en inspeksjon i Theresienstadt -ghettoen, gikk nazistene med på dette og satte i gang tiltaket «byfornyelse». Ordet «ghetto» ble erstattet med «jødisk bosettingsområde» (Jüdisches Siedlungsgebiet), gatene fikk nye navn, «den jødiske selvstyrebanken» ble opprettet («der jüdischen Selbstverwaltung»-banken), og ghetto-valutaen, den såkalte Ghettokrone, ble satt i omløp. Tyske myndigheter gikk også med på at pakker fra utlandet kunne sendes til Theresienstadt, for ikke å snakke om kulturlivet. 28. juni 1943 ble det organisert en omvisning for delegater fra Det tyske Røde Kors av Sipo-SD-offiserer, med Adolf Eichmann blant dem.
Snart ble en av de største deportasjonsaksjonene til Auschwitz gjennomført. SS-gruppene som administrerte Theresienstadt krevde gjenopptakelse av deportasjonene, med henvisning til overbefolkning i ghettoen og risikoen for utbrudd av tyfus, som kunne spre seg utenfor protektoratets grenser. Det som også var viktig i forbindelse med beslutningen, var at opprøret brøt ut i Warszawa-ghettoen, og nazistene ønsket å unngå en lignende situasjon i Theresienstadt. Gjennom deportasjoner mot øst var det enkelt å undergrave motstandspotensialet. I perioden mellom september 1943 og oktober 1944 ble det totalt sendt 18 transporter med 37 232 fanger til Auschwitz, inkludert transporten av rundt tusen barn, som ankom Theresienstadt i august 1943 fra Białystok. På den tiden spredte det seg et rykte i ghettoen om at de skulle byttes ut mot tyskerne og sannsynligvis sendes til Palestina. Etter to måneder ble de alle transportert til Auschwitz sammen med sine voktere og myrdet.
Ved ankomsten til Auschwitz delte flertallet av transportene samme skjebne som jødene som ble brakt fra ulike land i det okkuperte Europa, dvs. umiddelbar død i gasskamrene. Når det gjelder de syv transportene til Auschwitz i september og desember 1943 samt mai 1944, som til sammen omfattet 17 420 personer, avsto nazistene imidlertid fra den såkalte spesialbehandlingen (Sonderbehandlung). Av årsaker som fortsatt er uklare, men som kan ha sammenheng med et besøk av representanter fra Den internasjonale Røde Kors-komiteen i Theresienstadt, ble disse menneskene ikke sendt til gasskamrene, men sammen med sine familier sendt til Birkenau, til BIIb-sektoren kalt familielegren for jødene fra Theresienstadt – Familienlager Theresienstadt. De fikk lov til å leve, men ikke lenge – i omtrent seks måneder.
